도립 현미경
-오가노이드, 세포 배양 디쉬(Cell culture dish, chamber slide 등)에서 입체 구조의 실시간 윤곽 관찰이 가능하도록 설계됨

주로 사용하는 샘플:
-오가노이드 (intestinal, hepatic 등)
-살아있는 세포의 미세 구조 확인 (HeLa, MEF 등)
-pseudopodia 형성, 세포 분열선 관찰
-Zebrafish, 개구리 embryo와 같은 발생생물 관찰
-미세 유체 칩 내부의 3D 구조체 확인
-time-lapse imaging (DIC + motorized stage 활용)

정립 현미경
-슬라이드 글라스 위 고정 샘플 또는 조직 절편에서 미세한 윤곽선 강조에 최적화된 구조

주로 사용하는 샘플:
-박층 조직절편에서 세포 윤곽 강조 (근육, 신경 등)
-조직 내 경계 구조 또는 미세섬유 확인
-자가형광 방지 목적의 대체 관찰법 (염색 없이 관찰)
-광학적으로 투명한 샘플에서 대비 강조 (수분함량이 높은 조직 등)
-편광현미경 대용으로 섬유 방향성 확인 (부분적 활용)